La población tiene su origen en una Alquería de época islámica. La comarca del Aljarafe de Sevilla fue conquistada por Fernando III de Castilla en 1248, después de algo más de cinco siglos de presencia musulmana. El Repartimiento de Sevilla fue iniciado por el mismo rey, y continuado por su hijo y sucesor, Alfonso X. En este repartimiento, en 1252, la alquería de Carrión fue donada a la Orden Militar de Calatrava, recibiendo el nombre de Carrión de los Ajos. La repoblación de las tierras de Sevilla, especialmente del Aljarafe, fue dificultosa y la zona no fue efectivamente repoblada hasta el siglo XIV.
En el año 1576, el Rey Felipe II —que, por concesión pontificia, había pasado a ser maestre de todas las órdenes militares y también, por tanto, de la Orden de Calatrava—, vendió la jurisdicción de la villa de Carrión al caballero sevillano Don Gonzalo de Céspedes. El 8 de noviembre de 1679 se concedió a Juan Antonio de Céspedes y Lasso de la Vega, VIII Señor de la villa de Carrión de los Céspedes, el título nobiliario de Marqués de Carrión de los Céspedes.
